کیوهی آیزاوا، آدمکشی که برای یک گروه جاسوسی غیردولتی مخفی در ژاپن به نام "四十九" یا "SEEK" کار میکند، در سوگ از دست دادن دوست دخترش در یک سانحه هوایی غمانگیز است. رهبر "SEEK"، ریو میکومو، برای یک ماموریت اضطراری با او تماس میگیرد؛ نجات یک مامور دیگر، بازیابی یک مایع انفجاری جدید به نام "RDX@"، متوقف کردن یک رهبر بیرحم یاکوزا، سوجیرو کوتسوکی، و گروهش قبل از اینکه ژاپن را تصرف کنند. اگرچه تصور میشد نینجاها ناپدید شدهاند، اما نسل جدید آدمکشها به محافظت از ژاپن و هر آنچه درست است، ادامه میدهند. نینجاها به زودی از راه میرسند.